La Pastoral es dirigida por Directora de Pastoral, quien es una religiosa del establecimiento. Participan también en esta instancia docentes que apoyan la labor pastoral de la escuela. En relación a su funcionamiento se establece que se realizarán de la siguiente manera:

1. Pastoral de Estudiantes: Se realizan encuentros anuales, para estudiantes de cada curso a través de una jornada. Ésta es una instancia transversal en el quehacer de la escuela como tal. Además cada curso de Segundo Ciclo tiene una misa cada aproximadamente dos meses, presidida por un Sacerdote.

2. Pastoral Familiar: Sesiona una vez al mes y son Delegados(as) de Pastoral quienes replican en sus respectivas Reuniones de Apoderados los temas tratados. Cada sesión está presidida por la Encargada de Pastoral, en conjunto a docentes que apoyan dicha labor.

3. Catequesis Sacramental: Prepara a estudiantes y sus padres, de 5º Año Básico, al Sacramento de la Eucaristía (Primera Comunión) y a estudiantes de 8º Año Básico al Sacramento de Confirmación.

4. Pastoral de movimientos: Comunidades de EME (Encuentro de Madres en el Espíritu) y EPE (Encuentro de Padres en el Espíritu), que promueven la participación de apoderados en jornadas de oración y reflexión.

Sus principales funciones son:

a) En relación a estudiantes :

i. Abordar temas relacionados con el crecimiento personal desde la perspectiva cristiana y franciscana.

ii. Participar en Jornadas de Pastoral, ya sea fuera o dentro del establecimiento.

iii. Coordinar actividades religiosas en las celebraciones eucarísticas a lo largo del año escolar.

b) En relación a padres :

i. Abordar temas relacionados con los roles de los padres en la educación de la fe de sus hijos e hijas.

ii. Abordar temas sobre la importancia de la familia como la principal formadora de fe.

iii. Abordar el tema de los valores franciscanos vivenciados por la escuela cada año.

c) En relación al personal :

i. Generar espacios de encuentro y convivencia fraterna para crecer en la fe, comunión y unidad.

ii. Fortalecer el crecimiento espiritual, a través de la ayuda solidaria con sus compañeros(as) de trabajo, estudiantes y apoderados que más lo necesitan tanto en lo espiritual como en lo material.